Son muchas las iglesias que en la provincia de Burgos sufren un grave deterioro de su artístico patrimonio religioso y el riesgo de expolio por falta de seguridad y protección. Y es aquí donde interviene el Museo para cumplir su finalidad de retirar los valiosos retablos de estas iglesias abandonadas, proceder a su restauración en los talleres montados en un anexo de la propia iglesia de San Esteban.