Los famosos pingüinos de 'Madagascar' tienen una doble vida como agentes secretos. La desconocida historia sobre estos pequeños personajes nos cuenta como el equipo formado por Capitán, Kowalski, Rico y Soldado tratan de salvar el mundo en la misión de sus vidas. Sin embargo, se encuentran con otro grupo de agentes especiales con los que compiten por llevarla a cabo con éxito.